Na izborima za gradonačelnika Moskve održanim 2013. ostvario je rezultat od 27,24 odsto glasova, izgubivši od Sergeja Sobjanina (Ujedinjena Rusija). Od novembra 2013. bio je na čelu Centralnog vijeća političke partije Rusija budućnosti.
U decembru 2016. objavio je namjeru da učestvuje na predsjedničkim izborima u Rusiji koji su održani u martu 2018. Prema novinama Vedomosti, on je zapravo bio jedini političar koji je vodio punopravnu predizbornu kampanju 2017. godine, ali ga je 25. decembra 2017. CIK odbio registrovati zbog nedovršenog sudskog postupka KirovLesa.
S Fondom za borbu protiv korupcije bio je glavni pokretač masovnih protesta održanih 2017-2018. godine u Rusiji.
Početkom 2010-ih suočio se s brojnim sudskim procesima pokrenutih protiv njega, koje Navaljni i njegove pristalice smatraju politički motivisanim. Najpoznatiji su slučajevi KirovLesa i slučaj Yves Rocher. U oba slučaja Evropski sud za ljudska prava presudio je u korist Navaljnog.
Navaljnog su 2009. novine Vedomosti proglasile osobom godine. Časopis Time ga je 2012. uvrstio na spisak 100 najuticajnijih ljudi na svijetu, a u junu 2017. na spisak 25 najuticajnijih ljudi na internetu. Vedomosti su ga 2017. i 2019. proglasile za političara godine. Podaci istraživačkog centra Romir objavljeni na jesen 2020. govore da se Aleksej Navaljni nalazi među top pet javnih ličnosti kojima Rusi najviše vjeruju. Nominovan je za Nobelovu nagradu za mir 2020. i 2021. godine.
Dana 20. augusta 2020. godine, najvjerovatnije zbog posljedica trovanja, Navaljni je pao u komu. Od 22. avgusta do 20. septembra liječio se u bolnici Charite u Berlinu. Prema Organizaciji za zabranu hemijskog oružja, otrovan je hemijskim nervnim otrovom iz grupe novičok. Nakon povratka u Rusiju, Navaljni i njegova supruga, uhapšeni su 17. januara 2021. pri kontroli pasoša. Trovanje Navaljnog izazvalo je međunarodni revolt. Evropska unija i Ujedinjeno Kraljevstvo smatraju da je za njegovo trovanje odgovorno šest visokopozicioniranih ruskih službenika, kao i Državni institut za organsku hemiju i tehnologiju. Ruske vlasti su takve tvrdnje odbacile i porekle umiješanost u trovanje Navaljnog.
Simonovski sud u Moskvi, dana 2. februara 2021. godine, kaznio je Navaljnog na dvije godine i osam mjeseci zatvora, uvaživši zahtjev tužioca da uslovna kazna od tri i po godine bude preinačena u zatvorsku. Međunarodne organizacije za ljudska prava Amnesy International i Memorial, šefovi zapadnih zemalja, kao i niz ruskih i stranih medija prepoznali su slučaj protiv Navaljnog politički motivisanim.
